El Gobierno Central del Economista Rafael Correa Delgado, amparándose en lo que establece la Carta Magna y velando porque todos los sectores productivos de nuestro país sean atendidos de una manera más eficiente, creyó conveniente la creación de la Subsecretaría de Acuacultura como una forma de descentralizar y desconcentrar la administración pública.

Debido al crecimiento del sector acuicultor, se requería de un organismo que atendiera sus necesidades específicas para organizar, controlar y estimular la producción acuícola del Ecuador.

Organizaciones internacionales como la FAO definen que la acuacultura encierra el cultivo de organismos acuáticos entre ellos peces, moluscos, crustáceos y plantas acuáticas. El cultivo implica algún nivel de intervención en el proceso de crianza para mejorar la producción, tales como siembras regulares, alimentación, protección contra los depredadores, etc. También involucra la propiedad de personas naturales o jurídicas de los productos durante el período de cultivo.

En el caso de nuestro país, esta actividad está asociada al cultivo y producción de diversas especies bioacuáticas en tres regiones del Ecuador continental, las que representan importantes fuentes de ingreso, trabajo, divisas y alimentación para la población.
El Estado ecuatoriano priorizó la creación de una dependencia que intervenga directamente con información, proyectos, planificación y controles; y ese es el trabajo de la nueva Subsecretaría de Acuacultura.

Mediante Acuerdo Ministerial N° 89 del 19 de abril de 2007 se crea la Subsecretaría de Acuacultura como una dependencia del Ministerio de Agricultura, Ganadería, Acuacultura y Pesca con autonomía técnica y financiera.

Este organismo está representado por el Subsecretario de Acuacultura, con sede en la ciudad de Guayaquil y jurisdicción nacional; siendo su cometido administrar, controlar, desarrollar y difundir la actividad de la acuacultura en todas sus fases; a través de la investigación básica y aplicada, innovación tecnológica, formación de recursos humanos altamente calificados, promoción de los productos en los mercados interno y externo, para la preservación y manejo sustentable de los recursos acuáticos en todo el territorio nacional.